Les bénéficiaires des subventions du PMF/FEM sont les Organisations Non Gouvernementales (ONG) et les Organisations Communautaires de Base (OCB), d’autres structures regroupées en Associations professionnelles, légalement constituées et œuvrant dans les domaines de l’environnement et possédant une expertise dans l’exécution des projets. En effet, le PMF/FEM procède de la conviction que les problèmes environnementaux mondiaux relevant des cinq domaines de priorité du FEM, peuvent trouver des solutions à partir des initiatives et, des actions des communautés locales.